目前，我国没有法律意义上的外商投资主管部门。在中央层面，外商投资促进、保护和管理分别由商务主管部门和投资主管部门负责，主要是商务部和国家发改委负责。在中央层面，卫生健康、工信、文化等部门在各自的领域也负责外商投资促进、保护和管理工作。这就形成了一种以商务、投资主管部门为基础，以有关领域分管部门为支撑的相对分散的外商投资管理局面。在地方层面，县级以上地方人民政府有关部门依照法律法规和本级人民政府确定的职责分工，开展外商投资促进、保护和管理工作。

外商直接投资备案流程主要如下：首先，备案作业通过网上办理，外商投资企业或其投资者登陆商务部业务系统统一平台外商投资综合管理应用系统进行申请操作。按要求进行填报，填报过程中需上传一系列附件，包括外商投资企业名称预先核准材料或外商投资企业营业执照、《外商投资企业设立备案申报承诺书》或《外商投资企业变更备案申报承诺书》等。内容填报、附件上传完成后按系统提示进行内容检测，检测通过后确认上报。一般在 3 个工作日内作出 “备案通过” 或 “退回修改” 的决定，并通过综合管理系统发布备案结果，外商投资企业或其投资者可在综合管理系统中查询备案结果信息。备案完成后，外商投资企业或其投资者可凭外商投资企业营业执照（复印件）领取《外商投资企业设立备案回执》或《外商投资企业变更备案回执》。

此外，在市发改委申请的外商投资项目备案流程为：申请人登录 “投资项目在线审批监管平台 (海南省)”，进入 “项目登记” 中的 “备案类项目登记” 窗口，填写项目相关信息，获取项目统一代码；然后进入 “项目申报” 中的 “工程项目申报” 或 “非工程项目申报” 申报 “外商投资项目备案” 事项；项目予以备案后，项目申请人通过投资项目在线审批监管平台自行打印备案证明。